С помощью рут можно настраивать систему,например сделать,что бы вместо блютуз был интернет,подключился к вай фай и можешь удалять людей с вай фая,снимать видео с экрана, делать бкапы,контролировать напряжение ядра и ускорять телефон, залезть в чужой телефон, если у него включен блютуб,анонимомайзер программы,делать дос атаки с телефона и т.п.